空軍總醫院和航空總醫院都在北京市，但是這兩家醫院不是一家，前者在北京市海淀區阜成路30號(西釣魚臺)，后者在北京市朝陽區高井甲一號。從臨床來說，空軍總醫院創建于1956年10月，是三級甲等醫院，航空總醫院創建于1974年4月，是現代化綜合醫院，前者擅長皮膚科、男科、骨科，后者擅長消化內科、呼吸內科、心血管內科等。