對于福建海警局執法巡航，金門地方管理部門表示，執法是大陸相關部門的權益。近期已與金門的漁會聯系，提醒漁民近期捕魚應小心謹慎。中國國民黨籍民意代表陳玉珍表示，金門、馬祖地區時常有事務性溝通，較不會有誤解，因此希望民進黨當局能夠授權金馬地方當局就漁權海域等經濟議題，與大陸直接談，也較能求同存異。

臺灣前海軍艦長呂禮詩在島內政論節目上提醒民進黨當局注意，海警局在新聞稿里說明是常態化執法巡航，若事件進一步升級，民進黨當局或更加難以處理。臺灣地區前民意代表蔡正元則是更加明確指出，民進黨當局口口聲聲說所謂海峽中線，但臺灣海警船一直都可以跨越所謂海峽中線到金門有關海域執法，如果大陸也像臺灣方面一樣，下令接手這片海域的管轄權，同時不準臺灣的海警船過所謂中線，不準臺海警船到金門海域；甚至大陸的海警船也開到澎湖海域或基隆海域執法，兩岸是不是就要沒完沒了？

臺灣地區前領導人馬英九昨天在回應金門漁船事件時說，這類事件在海上難免會發生，應該依法秉公處理。兩岸關系緊張的最大問題就是民進黨當局和大陸不對話，這是非常不可想象的事，雙方有這么多利益關系，不對話怎么解決問題。

臺灣中時新聞網引用上海東亞研究所副所長包承柯的觀點認為，目前大陸對此事件態度仍舊克制，臺灣方面一定要快速妥善處理。他強調第一是要讓漁民家屬趕緊抵達金門探視并了解情形，其次是目前還在被扣留的2位漁民要立即釋放。他認為，類似事件很傷害兩岸人民之間的感情，也顯示兩岸還是必須要有更多合作交流互動來增進溝通與民間信賴感。

民進黨的甩鍋行為

臺灣海巡部門粗暴對待漁民，鬧出人命后不僅事故調查過程不透明，對待人命態度近乎冷漠，還以所謂越界說，將兩岸漁民在臺灣海峽的傳統漁區說成是所謂禁止、限制水域，試圖將其惡劣行為合理化。對此，國臺辦昨天晚間回應稱，海峽兩岸同屬一個中國，臺灣是中國領土不可分割的一部分。兩岸漁民自古以來在廈金海域傳統漁場作業，根本不存在所謂禁止、限制水域一說。大陸方面對臺灣同胞充滿善意，但對臺方無視大陸漁民生命財產安全的行徑也決不容忍。臺方應盡快放船放人，做好善后工作，查明事實真相并嚴肅處置相關責任人，給遇難人員家屬和兩岸同胞一個交代。大陸方面保留采取進一步措施的權利，一切后果由臺方承擔。